Pramení ve Vlašimské pahorkatině, východně od Javorové Skály. Odtud teče stále k jihu a po 47 km se vlévá na ř.km 10,7 zprava do Lužnice. Povodí má plochu asi 250 km2, sjízdná část měří 24 km.

Na horním toku Smutná napájí řadu rybníků, po soutoku s Milevským potokem u Sepekova se stává splavnou pro sportovní lodě. Zařezává se nehluboko do terénu malebným údolím, místy zalesněným, s malým spádem s četnými záruky.