Vzniká soutokem několika menších potoků u Chýnova na Táborsku v Křemešnické vrchovině. Teče západním směrem s četnými místními změnami směru toku a v Sezimově Ústí vtéká zprava do Lužnice na ř.km 43,7. Odvodňuje plochu asi 210 km2, délka sjížděného úseku je 14 km.

Kozský potok protéká v mělkém, často značně zarostlém korytě rovinatou jihočeskou krajinou s loukami a lesíky. U Kozského Dvora a mlýna se údolí svírá v kaňon s peřejemi.