Archeologické nálezy dokládají osídlení až z doby bronzové, ojediněle i z mladších fází pravěku. Místo samo sehrálo významnější roli už v době římské, o čemž svědčí nálezy mincí a římská cisterna v kapli. Město je uváděno v kronice Kosmově k roku 1067 jako hrad Podiuin. V r. 1422 udělil Zikmund zeměpanské město lénem Lichtenštejnům. V r. 1559 jej získal na necelých sto let rod Žerotínů, poté se jako součást břeclavského panství dostalo zpět do rukou Lichtenštejnů (do r. 1848). Blízkost zemských hranic ovlivňovala život města v dobrém i špatném, za třicetileté války ztratil Podivín přes polovinu obyvatel a utrpěl i dalšími vpády nepřátelských vojsk. Podivín byl znám svou náboženskou tolerancí, ve 20. letech 16. století se zde usadili novokřtěnci (habáni), kteří však museli odejít v r. 1622 do Uher. Také tady žila do II. světové války početná obec židovská. V r. 1960 ztratil Podivín statut města, ale o 7 let později mu byl navrácen.